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医院污水，尤其是传染病医院、结核病医院污水中，不同程度地含有多种病菌、病毒、寄生虫卵和一些有毒有害物质。这些病菌、病毒和寄生虫卵在环境中具有一定的抵抗力，有的在污水中存活时间较长，当人们食用或接触被病菌、病毒、寄生虫卵和有毒有害物质污染的水或蔬菜时，就会使人致病或引起传染病的暴发流行。通过流行病学调查和细菌学检验证明，国内历次大规模传染病的暴发流行，都与饮用或接触被污染的水有关。例如1987年上海市发生甲型肝炎大面积暴发流行，发病290,000人，死亡11从，系由于带有甲型肝炎病毒的粪船污染了毛蚶所致。近年来，世界上许多国家发生霍乱，暴发面积之广，死亡人数之多，为有史以来所罕见，并且发病多半在不发达国家的沿海地区，据报导，均因饮用水受到病人排泄物污染所致。
病菌、病毒或寄生虫卵能够介水传播的主要原因是污水中病原体的含量大，另一个是病原体对环境理化因素抵抗力强，在环境中的存活率比较高。如大肠杆菌在河水中能存活21~183天，痢疾杆菌能在河水中存活12~92天，霍乱弧菌在河水中能存活0.5~92天。病毒在对环境因素的抵抗力则更强，在污水中肝炎病毒能存活70天，脊髓灰质炎能存活3~4个月，钩端螺旋体能存活30天。非典冠状病毒则仅能在污水中存活3~4天。非典冠状病毒对环境的耐受力虽然不比肝炎病毒、痢疾杆菌更强，但由于其发病急、传播快、死亡率高，更加以找不出病源和传播途径、对应手段和治疗方法，因此，曾在精神上给人们很大的困扰。
综合以上情况来看，医院污水对人们的危害是严重的，《中华人民共和国水污染防治法》第二十八条规定：“排放含病原体的污水，必须经过消毒处理，符合国家排放标准后，方准排放。”此外，国家环保总局、建设部等单位发布的有关规范都明确规定，医院污水必须进行消毒处理。
杀灭病菌、病毒的方法有物理、化学方法等。物理方法有加热、紫外线、堆肥、同位素辐照等。化学方法则有氯化、臭氧、酚类、酸类等。但一般的消毒则以化学法具有价格低廉、管理方便、消毒效果好等优点。而在化学法消毒中又以液氯、次氯酸钠溶液、现场制备次氯酸钠、现场制备二氧化氯、二氯异氰尿酸和漂粉精片、粉等多种。由于各种消毒剂各有特点，例如液氯具有成本低、杀菌效果好、操作简单等优点。但其缺点是，氯为有毒气体，泄漏时会伤害人畜。现场制备的次氯酸钠和二氧化氯比较安全，但发生器管理繁琐、建设和运行费用高。商品次氯酸钠则运行安全、管理方便、价格低廉，但必须由生产厂家定时供应。次氯酸钙消毒片和二氯异氰尿酸的投配装置十分简单，但其缺点是有的溶解速度很慢、也有的溶解速度很快，以致消毒片的溶解不能与污水流量定比同步，甚至无法保证消毒效果。因此，应该根据工程实际情况结合各种消毒剂的优缺点，进行合理的选择。
《医院污水处理设计规范》提出医院污水的消毒剂可以按下列原则进行选择：
（一）
凡处理站与病房、居住区保持一定距离，容易购得液氯的大型医院，可以采用液氯作为污水的消毒剂。
（二）
凡处理站与病房、居住区较近，或无液氯供应的中型医院，可以采用商品次氯酸钠或现场制备的次氯酸钠、化学法二氧化氯做消毒剂。
（三）
小型医院或门诊部则可以采用商品次氯酸钠或漂粉、漂粉精片作为消毒剂。
消毒是医院污水处理中最重要的环节。医院污水处理消毒剂分为二大类，若干种。一类是现场制备，如用发生器电解食盐产生次氯酸钠、用化工原料生产二氧化氯消毒剂等。前者耗盐、耗电、耗水，制作成本高，后者采用的化工原料较贵，也耗水、耗电，而且有一定安全问题。另一类是化工厂生产的商品消毒剂，如液氯和高浓度次氯酸钠溶液以及漂粉精粉、片、三氯异氰尿酸等。前者高效经济、方便，但泄漏之后会致人伤害，审批管理较严格。后者不耗水，不耗电，管理方便。我国有关设计规范中给水及污水消毒首选商品次氯酸钠溶液、次氯酸钙粉剂和液氯。距商品消毒剂供应地较远，运输不便利的医院可采用现场制备消毒剂。
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